A causa da prostatite não bacteriana e da prostatodinia ainda não é totalmente conhecida, mas os sintomas levam a crer que seja uma infecção por microorganismos ainda não identificados ou que ela seja uma doença não infecciosa. Acredita-se também que, com o refluxo da urina, a própria urina possa afetar a próstata, causando tanto a prostatite não bacteriana quanto a prostatodinia.
