Uma das principais causas da nefrite são as infecções provocadas por qualquer microorganismo que forme um complexo conhecido como antígeno-anticorpo, que acaba indo parar no rim. Malária, tifo, salmonela, toxoplasmose, herpes e outros vírus e bactérias podem causar tais infecções. Não somente as infecções são responsáveis pela nefrite, mas também o uso inadequado de antibióticos e antiinflamatórios, medicamentos contendo lítio, ouro ou captopril, que são capazes de liberar antígenos, desencadeando assim a formação de complexos antígeno-anticorpo. Esse quadro acontece com maior freqüência em diabéticos.
Outro fato a se observar é que pacientes que eram portadores de doença crônica nefrítica, quando recebem um transplante de rim, podem novamente desenvolver a doença no novo rim.