A prostatite bacteriana é mais comumente causada por uma bactéria chamada Escherichia Coli, também responsável por muitas infecções urinárias. Outras bactérias menos comuns são: Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Pseudomonas e Serratia. A maioria das infecções da próstata é causada por apenas um microorganismo, mas pode haver dois ou mais tipos de bactérias ao mesmo tempo. Acredita-se também que uma bactéria chamada Enterococcus fecalis possa causar a prostatite bacteriana crônica.